1. Awal perkembangannya.
Windows berkembang dari dunia komputer mikro yang serba personal. Karena khusus untuk kebutuhan desktop, Windows sangat memfokuskan diri pada kesederhanaan penggunaan, pendekatan pada sisi end user dsb.
Linux berkembang dari dunia Unix dengan segala persoalan multi-tasking dan multi-usernya. Dengan kata lain, Linux dirancang dengan karakteristik server atau workstation high-end. Linux juga dikembangkan dengan kemampuan jaringan cukup tinggi dan sejak awal hidupnya sudah berusaha untuk berjalan pada berbagai arsitektur komputer, sehingga Linux tidak menjadikan kebutuhan desktop sebagai tujuan besar
2. Hak Atas Kekayaan Intelektual (HAKI)
Jika dilihat dari sisi HAKI, SO Windows dan kebanyakan program-program aplikasinya, kepemilikan lisensi (rata-rata berharga $200 USD) merupakan sarat mutlak untuk penggunannya.
Sementara Linux dan program-program aplikasinya dilain pihak berlisensi gratis dan justru mendorong para penggunanya untuk menyebarluaskan perangkat lunak tersebut.
3. Kelengkapan Program
Windows tidak menyediakan banyak program setelah diinstal. Kalaupun ada mungkin hanya Internet Explorer, Media Player, Notepad, dan beberapa program kecil lainnya.Sekalipun Linux juga sebagai SO, setelah diinstal, akan ditemui banyak program dari hampir semua kategori program seperti Office Suite, Multimedia (Sound, Video, Graphics), Internet (Browser, Email, Chat, Downloader, Messenger, Torrent, News), 3D, Games, Utility, dll.